Cilj programa je vzpostaviti in spodbujati mobilnost študentk in študentov ter profesoric in profesorjev med sodelujočimi državami ter izkoristiti akademske povezave in možnosti za oblikovanje skupnih študijskih programov.
V programu CEEPUS sodelujejo visokošolske institucije iz naslednjih držav: Albanija, Avstrija, Bolgarija, Bosna in Hercegovina, Češka, Črna gora, Hrvaška, Kosovo, Madžarska, Severna Makedonija, Moldavija, Poljska, Romunija, Slovaška, Slovenija in Srbija.
CEEPUS deluje na osnovi mrež (Network), ki omogočajo mednarodno študentsko in profesorsko mobilnost ter skupne projekte mednarodnega sodelovanja. Na ta način se prenašajo znanja in dobre prakse, krepijo medkulturne kompetence, nastajajo skupni strokovni in znanstveni članki, skupne publikacije na nacionalni in mednarodni ravni ter poletne oziroma zimske šole.
Študentke in študenti ter profesorice in profesorji lahko kandidirajo za štipendijo znotraj mreže, v katero je institucija vključena, t. i. mrežna mobilnost oz. Network Mobility, in v okviru t. i. proste mobilnosti oz. Freemover Mobility (če institucija ne sodeluje v mrežah CEEPUS). Štipendijo CEEPUS dodeljuje država prejemnica in vključuje štipendijo, namestitev in zdravstveno varstvo ter zagotavlja oprostitev šolnine.